A proposta relativa ao Regulamento Guarda Costeira e de Fronteiras Europeia dispõe que o agente para os direitos fundamentais é designado pelo Conselho de Administração. Estabelece ainda que este é independente no desempenho das suas funções e que responde diretamente perante o Conselho de Administração e coopera com o Fórum Consultivo.

O mecanismo de apresentação de queixas é um mecanismo de natureza administrativa no âmbito do qual o agente para os direitos fundamentais será responsável pelo tratamento das queixas. As queixas admissíveis relativas a um membro do pessoal da Agência serão transmitidas pelo agente para os direitos fundamentais ao Diretor Executivo, o qual assegurará que lhe seja dado o seguimento adequado, incluindo medidas disciplinares. As queixas admissíveis relativas a um guarda de fronteira de um Estado-Membro de acolhimento ou a um membro das equipas serão transmitidas ao Estado-Membro de origem. O agente para os direitos fundamentais registará o seguimento dado pela Agência ou por esse Estado-Membro. As investigações criminais serão conduzidas pelos Estados-Membros.

A proposta não atribui um papel ativo ao Parlamento Europeu no acompanhamento do mecanismo de apresentação de queixas. Todavia, o Parlamento Europeu receberá um relatório de avaliação no prazo de três anos a contar da data de entrada em vigor do regulamento. A avaliação incluirá uma análise específica sobre a forma como todas as disposições relevantes da Carta dos Direitos Fundamentais foram respeitadas em aplicação do regulamento.

O Fórum Consultivo, como um reservatório de conhecimentos e competências que aconselha a Agência em todas as questões relativas aos direitos fundamentais, proporcionará aconselhamento estratégico sobre a forma como a Agência poderá melhorar estruturalmente o respeito dos direitos fundamentais nas suas diversas atividades, nomeadamente no que diz respeito ao mecanismo de apresentação de queixas.